Již na počátku psané historie obce se zde zmiňuje kostel a fara. Dnešní kostel je v jádru pozdně gotická stavba pocházející z roku 1508 s některými architektonickými články z doby jejího vzniku. Roku 1848 kostelní střecha a věž shořely. Roku 1860 byl kostel opraven, avšak loď záhy nevyhovovala svému účelu, a proto byl kostel roku 1912 přestavěn. Dne 19. srpna 1913 byl znovu vysvěcen. Při přestavbě byla za oltářem objevena chodba, ústící u školy, a náhrobní kámen kněze Stanislava Reisingera z roku 1585 s českým nápisem. Stěny na původní sakristii jsou opatřeny střílnami, které naznačují příslušnost kostela ke skupině opevněných jihomoravských kostelů.
Na vnějším plášti kostela je sekundárně umístěn náhrobní kámen kněze Stanislava Reisentera z r. 1585. Poloha Obec Zaječí se nachází mezi městy Hustopeče a Břeclav. V těsné blízkosti prochází silnice I.třídy Brno - Břeclav a v blízkosti je i sjezd z dálnice v Hustopečích.