Chrám P. Marie pod řetězem býval hlavním chrámem johanitské komendy. Klášter založil v roce 1169 český král Vladislav II. Založil ho na strategicky významném místě u předmostí bývalého Juditina mostu jako první johanitskou komendu v Čechách. Původní románský trojlodní kostel byl větší než dnešní stavba a zachovaly se z něj zbytky uvnitř kostela. Rozsáhlá gotická přestavba začala v polovině 14. století, kdy byla zbořena románská bazilika. Kolem roku 1375 byly postaveny dvě mohutné hranolové věže. Kostel byl znovu přestavěn na přelomu 16. a 17. století a svou dnešní podobu získal při barokní přestavbě v letech 1640–60. Hlavní oltář je zdoben řezbami představujícími výjevy ze života apoštola Pavla. Hlavní oltářní obraz je dílem Karla Škréty. Obraz K. Škréty Madona žehná maltézským rytířům v bitvě u Lepanta byl 29.9.2005 vládou ČR prohlášeny za Národní kulturní památku.
Zajímavý název "pod řetězem" byl kostelu dán podle řetězu, kterým byla ve středověku uzavírána klášterní fortna. Na malém prostoru před kostelem se na domě U zlatého jednorožce v Lazeňské ulici nachází pamětní deska připomínající zdejší pobyt Ludwiga van Beethovena.
Kostel se nalézá v Lázeňské ulici, nedaleko známé Čertovky.