Gotický klášter cisterciaček založila v roce 1323 Eliška Rejčka, vdova po Václavu II. a Rudolfu Habsburském, při farním kostele Panny Marie. V 15. a 17. století byla budova poškozena požáry a válečnými událostmi. Na konci 18. století se klášter stal novým domovem řeholníků augustiniánů. V té době byly také dostaveny barokní budovy opatství. V roce 1868 se stal novým augustiniánským opatem Jan Gregor Mendl, který v tomto klášteře objevil a formuloval teorii dědičnosti. Roku 1987 byl chrám papežem Janem Pavlem II. povýšen, a od té doby je nazýván "Basilika minor". Nad vchodem do chrámu se nachází freska s vedutou Brna a P. Marií, udělaná podle obrazu Josefa Rottera z r. 1761, protože originál z 19. století rozřezán.