Kostel sv. Maří Magdaleny byl založen Jindřichem z Hradce počátkem 13. století. V roce 1615 však tento původní kostel shořel. V letech 1628 - 1633 nechal Vilém Slavata na jeho místě vybudovat pozdněrenesanční kapli sv. Máří Magdalény s přepychovými štuky v klenbě a nádhernou výzdobou. Bývalá jezuitská kolej byla po zrušení Jezuitského řádu v 18. století upravena na kasárna. Kolej je Nežáreckou branou spojena s bývalým jezuitským seminářem, který je od roku 1927 sídlem jindřichohradeckého muzea. Komplex budov bývalé jezuitské koleje tvoří druhý největší objekt ve městě.